同济大学附属同济医院实行院系合一的领导管理体制，医院院长兼任系主任、主管教学的副院长主持系的常务工作，医院党委副书记主管学生思想政治工作。医院紧紧围绕着同济大学"知识、能力、人格全面发展的创新型人才"的培养模式，结合临床医学的特点，"以学生为本"，围绕着医学知识的传授、临床能力的培养和医学生健康人格的形成开展临床教学和教学建设。确立了"教学立院、科研兴院"的学院型发展方向。
教学管理处，分管临床本科教学、研究生教学、学生管理、多媒体中心，承担后期临床医学专业的医学生培养工作。目前有临床医学五年制、七年制、硕博士研究生不同层次的教学，同时还有留学生及来自外校实习生的床边教学。目前有教研室23个，包括：内科学、外科学、妇产科学、儿科学、诊断学、眼科学、耳鼻喉科学、口腔科学、神经内科学、精神医学与医学心理学、传染病学、皮肤与性病学、中医学、麻醉学、急诊医学、放射诊断学、护理学、卫生经济学、医学外语、医学社会学、老年医学、康复医学。涵盖临床医学、康复医学、社会医学等内容。承担着五年制、七年制、八年制的教学，目前有本科生201人，研究生194人。
师资队伍建设是完成教学的关键，教师人数达236人，正、副教授56人，正、副主任医师165人，博士研究生导师16人，硕士研究生导导55人。二级学科博士培养授予点2个，硕士授予点基本覆盖所有三级学科。医院成立教学指导委员会，发挥教学专家在教学管理和教学建设中的指导作用。并完善管理制度，编印《同济大学附属同济医院教学管理文件汇编》，指导各个环节的教学管理。将教学工作情况作为医师系列职称晋升考核的重要内容；充分发挥学科带头人和优秀教师的传帮带作用，并通过"金教鞭杯"，医苑新星，后备人才计划等举措为青年教师搭建成长平台；积极落实主干课程脱产教师进行见习带教；鼓励教师积极开展教学研究，制定政策奖励在教学研究、课程建设中取得成绩的教师。
加大投入改善教学条件，目前有教学用房面积达6000余平方米，建有先进的多媒体教室，示教室，电子阅览室，学术报告厅等基础教学设施。拥有高端模拟技术的"医学模拟教学中心"，建有"内科基本技能训练室"，"外科基本技能训练室"，"妇婴基本技能训练室"，"综合急救训练室"，能够满足不同层次医学生的临床技能训练。"医学模拟教学中心"对教学效果的作用得到师生们的高度评估，并成为同济大学实验教学示范基地建设项目之一。
目前建设上海市精品课程1门，同济大学精品课程3门，同济大学教学名师2名，获得上海市教学成果奖和学校教学成果奖。为了进一步提高医学生综合能力，承担中华医学会和同济大学重点教学研究课题多项，围绕着"基于问题的学习，Problem-based learning，PBL" 小组讨论法的应用和"全程临床技能技能"课程整合的探索和实践进行研究。建立了长学制早期导师制，加强学生的综合素质培养。设立"青稞节"医学生学术活动，为医学生创新能力培养搭建平台。
随着对医学生能力培养的重视，医学生毕业就业率95%以上。2007年由交通大学主办的上海市"唯爱天使杯"医学生专业技能大赛，我校获得"银奖"，2007年学生肖俊杰的作品入围第十届全国大学生"挑战杯"获得三等奖。越来越多的本科生、研究生经过选拔公派出国留学或短期访问交流。
1 内科学 杨长青 雷 涛 李元玲
2 外科学 范跃祖 李海丰，季淑荣 刘忠言
3 妇产科学 童晓文 李怀芳 王建军
4 儿科学 谢晓恬 -- 傅晓燕
5 精神医学 陆峥 -- 崔海松
6 诊断学 戚秀卿 宋浩明 刘琦
7 实验诊断学 万海英 -- 杨 凡
8 医学影像学 王培军 王国良 黄宗良
9 眼科学 荣 翱 -- 徐 蔚
10 耳鼻咽喉学 葛荣明 -- 金 玲
11 口腔医学 -- 陆卫青 常红琴
12 神经内科学 聂志余 靳令经 李云霞
13 传染病学 -- 卢峪霞 陈莹
14 皮肤与性病学 赵敬军 黄欣 徐 倩
15 急诊医科 -- 吴先正 戴国兴
16 中医学 -- 李 昊 洪岩
17 麻醉学 -- 张晓庆 刘建惠
18 老年医学 谢南姿 -- 沈 艺
19 康复医学 -- 叶 刚 金荣祥
20 医学外语 汪 浩 -- 王琛
21 护理学 许方蕾 -- --
22 全科医院 谢南姿 -- 沈艺
23 核医学 -- -- 马宏星
24 医学模拟教学中心 杨文卓 -- --
